Häufig fragt sich der Gartenfreund: Was passiert mit kranken Pflanzenteilen? Allgemeiner Grundsatz ist, dass Pflanzen, die einen Krankheits- oder Schädlingsbefall im Wurzel- oder Stängelbereich haben, nicht kompostiert werden sollen. So dürfen beispielsweise von der Kohlhernie befallene Pflanzenteile, wie sie außer bei Kohlarten auch bei kreuzblütigen Zierpflanzen, zum Beispiel Mondviole (Judassilberling), Iberis, Duftsteinrich, Levkoje oder Goldlack vorkommen können, nicht auf den Kompost gelangen. Dieser Krankheitserreger bleibt mehrere Jahre im Boden überlebensfähig. Deshalb müssen die Pflanzen sorgfältig mit den Wurzeln beim Räumen der Beete entfernt werden.

Bei den mit der Sklerotinia-Fäule befallenen Pflanzen ist zudem darauf zu achten, dass beim Entfernen der Pflanzen keine Sklerotien abfallen und auf den Boden gelangen. Diese Dauerkörper des Pilzes können auch jahrelang im Boden überleben und die Beete dauerhaft für zahlreiche Zierpflanzen wie Sommerastern, Sonnenblumen, Ringelblume, Rudbeckie, Spaltblume oder Goldlack, aber auch für Gemüse wie Bohnen, Möhren, Salat, Gurken oder Tomaten verseuchen.

Vorsichtig umgehen sollte man auch mit Pflanzen oder Pflanzenresten, die einen Befall mit Wurzelgallenälchen vorweisen. Dieser kann zum Beispiel bei Tomate, Gurke, Salat, Möhre, Kohl, Rettich, Lauch und Pastinake, aber auch an Zierpflanzen vorkommen. Solche Pflanzen entfernt man bei der Ernte sorgfältig mit ihren Wurzeln; sie dürfen nicht auf den Beeten untergegraben werden. Richtig entsorgt man sie in der Restmülltonne. Allerdings werden nicht alle Gallen an Pflanzenwurzeln durch Älchen verursacht. Schmetterlingsblütler zum Beispiel wie Bohnen, Erbsen oder Wicke haben auch Knöllchen an den Wurzeln. Dabei handelt es sich aber nicht um Wurzelgallenälchen, sondern um die nützlichen Knöllchenbakterien, die mit den Pflanzen in Symbiose leben. Das Untergraben der Wurzelreste reichert beim Verrotten den Boden mit Stickstoff an.