Die in der Regel jährlich tagende Mitgliederversammlung des IVA entscheidet über alle grundsätzlichen und wesentlichen Fragen. Sie wählt Präsident und Präsidium, beschließt Satzungsänderungen und den Haushalt des Verbands.

Das Präsidium des IVA besteht aus Vertretern der Mitgliedsunternehmen. In Zusammenarbeit mit der Geschäftsführung führt es die Geschäfte des IVA. Präsident des IVA ist Michael Wagner, BASF SE, Limburgerhof.

Die Geschäftsführung leitet den Verband in Zusammenarbeit mit dem Präsidium und ist an die Weisungen des Präsidiums gebunden.

Der Ältestenrat des IVA setzt sich aus Personen zusammen, die sich in besonderer Weise um die agrochemische Industrie verdient gemacht haben. Das Gremium steht dem Präsidium des IVA beratend zur Seite.

Auf Antrag der Mitglieder kann die Mitgliederversammlung Fachbereiche einrichten. Diese werden gegenüber dem Präsidium von einem Vorstandsmitglied vertreten.

Zentralausschüsse, Steuerungsgremien, Fachausschüsse und Projektgruppen des IVA bearbeiten langfristig zentrale und Fachfragen (Zentral- und Fachausschüsse). Für spezielle, zeitlich eingegrenzte Fragen werden nach Bedarf Projektgruppen eingerichtet.