Die Freude an den Pflanzen kann aber durch einige häufiger vorkommende Krankheiten getrübt werden.

Der Botrytis-Grauschimmel (Botrytis paeoniae und andere Botrytis-Arten) ist die am häufigsten an Pfingstrosen auftretende Krankheit. Von ihm können sowohl die Strauch- als auch die Stauden-Pfingstrosen befallen werden. Erkrankte Pflanzenteile vertrocknen schließlich und sterben ab.

Bei den Strauch-Pfingstrosen kommt es zu einem plötzlichen Welken ganzer Triebe. Der pilzliche Erreger infiziert im Frühjahr die Knospen und Triebe und wächst dann über das Holz zur Basis der Pflanze. An Stauden-Pfingstrosen treten die Botrytis-Erreger mit zwei verschiedenen Schadbildern auf. Oft schon nach dem Austrieb welken einzelne Triebe dicht an der Erdoberfläche, wobei junge Triebe umfallen. Die Befallsstellen am Stängel sind nassfaul und haben bei feuchter Witterung den typischen grauen Schimmelbelag. Bei trockenem Wetter sind die Schadstellen am Stängel noch zu finden, die Triebe welken aber seltener. Das zweite Schadbild zeigt sich an den Blütenknospen. Wenn die Erreger Kelch- und Blütenblätter oder den Blütenstiel befallen entsteht eine Blütenfäule. Die Blütenknospen bleiben oft schon in einem frühen Entwicklungsstadium „sitzen“. Sie verbräunen, vertrocknen oder verfaulen. Der Erreger befällt dann auch darunter liegende Blätter.

Die Cladosporium-Blattfleckenkrankheit (Cladosporium paeoniae [chlorocephalum]) ist eine sehr auffällige Blattkrankheit an Pfingstrosen. Sie führt zum Ende des Frühjahrs beziehungsweise ab Anfang des Sommers zu großen hell- bis violettbraunen Flecken zunächst an den Blatträndern und -spitzen. Diese vergrößern sich sehr schnell, fließen zusammen und erfassen große Blattteile, die dann vertrocknen. Bei feuchtem Wetter bildet sich an den Flecken blattunterseits ein samtartiger bräunlich-olivfarbener Sporenbelag. Starker Befall schwächt die Pflanzen auch für das Folgejahr.

Die Septoria-Blattfleckenkrankheit (Septoria paeoniae) zeigt sich hauptsächlich an älteren Blättern, meist erst nach der Blüte durch runde braune Flecken, die einen rötlichbraunen Rand haben. Braunrote Flecken oder Streifen können auch am Stängel auftreten. Die Fruchtkörper des pilzlichen Erregers sind als kleine schwarze Pünktchen mit der Lupe im Bereich der Blattflecke zu finden. Ein starker Blattbefall wird selten beobachtet.

Zur Einschränkung der Krankheiten sind vorbeugende pflanzenbauliche Maßnahmen von besonderer Bedeutung. Hierzu gehören ein luftiger Standort, das Vermeiden einer zu dichten Pflanzung beziehungsweise von Unterwuchs, damit die Pfingstrosen nach Regenfällen schnell abtrocknen können. Außerdem darf keine einseitig betonte Stickstoffdüngung gegeben werden. Besser sind organische, langsam wirkende Dünger zu geben. Die befallenen Pflanzenteile sind sofort nach Sichtbarwerden der ersten Symptome abzuschneiden und am besten in der Restmülltonne zu entsorgen.