Von Energiepflanzen und anderen nachwachsenden Rohstoffen werden ebenso wie von Nahrungs- und Futterpflanzen hohe Erträge in guter Qualität erwartet. Deshalb findet bei allen Pflanzen auch die Anwendung von Pflanzenschutz- und Düngemitteln Beachtung, nicht zuletzt unter dem Aspekt von Energieaufwand und Energiegewinn. Die Bilanzierung erfolgt in Gigajoule, wobei ein Gigajoule der Energie von etwa 26,7 Liter Erdöl entspricht. Um beispielsweise einen Hektar Weizen anzubauen, muss man etwa 10 Gigajoule Energie investieren, gut die Hälfte davon entfällt auf die Herstellung und Anwendung von Pflanzenschutz- und Düngemitteln. Werden diese eingesetzt, kann man insgesamt 185 Gigajoule an Korn und Stroh ernten. Das ergibt einen Energiegewinn von 175 Gigajoule. Ohne Pflanzenschutz und Mineraldünger gewinnt man von derselben Fläche nur 60 Gigajoule.